1995-96 sezonunda Fenerbahçe'ye transfer oldu. Sezona TSYD Kupası'nı kazarak giren Fenerbahçe'de 3 Eylül 1995'te İsmail Kartal'ın jübilesinde Eskişehirspor'u yenen sarı-lacivertli takımda ilk golünü attıktan sonra, 30 Eylül 1995'te oynanan Beşiktaş derbisinde ikinci yarıda oyuna girerek ilk golünü kaydetti.

22 Ekim 1995'teki Galatasaray derbisinde ise maçın ilk 30 dakikasında attığı birbirinin neredeyse tıpatıp aynısı üç golle hat-trick yaparak tarihe geçti (35. dakikada hakem tarafından iptal edilen golünün de nizami olduğu tartışılmıştı).

9 Aralık 1995'te de Trabzonspor'a karşı alınan ve bordo-mavili takımın namağlupluğunu silen 3-1'lik galibiyette de bir gol atarak, tüm büyük maçlarda ağları buldu.

Ligin ikinci yarısının ilk maçında Fenerbahçe Karşıyaka'yı deplasmanda 90. dakikada Atkinson'un attığı golle yenerken, bu gol ve galibiyet bir anlamda sezon sonunda şampiyonluğu getiren önemli dönüm noktalarından biri oldu. Ancak 25. haftada Denizlispor'a attığı golden sonra suskun kalan golcü sezon sonunda ligde şampiyonluk yaşadı, ancak bir sezon sonraki kadroda düşünülmedi ve 23 Temmuz 1996'da sözleşmesi Fenerbahçe tarafından tek taraflı olarak feshedildi.